引物對反轉(zhuǎn)錄實驗的影響：

1、 Oligo(dT)

Oligo(dT)引物是約12-18個多聚胸腺嘧啶T組成的重復(fù)寡核苷酸序列，能夠特異性地與真核生物mRNA的ploy(A)尾退火，故不適合缺少ploy(A)尾結(jié)構(gòu)的RNA，如原核生物RNA或microRNA，也不適用于已降解的RNA，如FFPE樣品中RNA。

真核生物中mRNA僅占總RNA的1%-5%左右，通常在進(jìn)行從真核生物中構(gòu)建cDNA文庫，或者克隆全長cDNA以及3’RACE等研究時會優(yōu)先選擇 Oligo(dT)引物。

對于復(fù)雜模板RNA，如含較多二級結(jié)構(gòu)，在進(jìn)行cDNA的合成延伸過程中，當(dāng)延伸到二級結(jié)構(gòu)處時，可能會造成延伸終止，若選擇Oligo(dT)可能會造成mRNA 5’端信息的丟失。

2、 Random N6-N9

隨機(jī)引物是由隨機(jī)堿基組成的寡核苷酸，通常由6個核苷酸組成，稱為隨機(jī)6聚體。該種引物不具備特異性，rRNA, tRNA,非編碼RNA，小RNA，降解RNA，復(fù)雜二級結(jié)構(gòu)的RNA等都可以作為其模板。該類引物可提高cDNA的產(chǎn)量和濃度，但是會使合成的cDNA長度變短。

3、 基因特異性引物

基因特異性引物能夠與模板特異性互補(bǔ)，產(chǎn)生目標(biāo)性很強(qiáng)的cDNA，對于后續(xù)的PCR擴(kuò)增更特異，適用于已知目的序列。通常應(yīng)用于一步RT-PCR反應(yīng)。當(dāng)使用基因特異性引物（GSP）無法有效合成**鏈cDNA時，可選用Oligo(dT)或隨機(jī)引物。